Την ευθύνη του προγράμματος απέναντι στους φορείς χρηματοδότησής του και το Υπουργείο Παιδείας έχουν ο επιστημονικός υπεύθυνος του προγράμματος και ο αναπληρωτής του. Για τη διοίκηση του προγράμματος αρμόδιο όργανο είναι η Γενική Συνέλευση διδασκόντων η οποία συγκαλείται σε τακτά χρονικά διαστήματα και στην οποία συμμετέχουν και φοιτητές του προγράμματος όπως ορίζει ο νόμος. Η Γενική Συνέλευση εκλέγει τον Πρόεδρο, τον αναπληρωτή Πρόεδρο, το Διευθυντή Σπουδών και τη Διοικούσα Επιτροπή, η οποί αποφασίζει για τις εσωτερικές υποθέσεις λειτουργίας του προγράμματος και απαρτίζεται από έξι μέλη της γενικής συνέλευσης.

Ο οδηγός σπουδών του Προγράμματος Σπουδών Επιλογής "Επιστήμες και Πολιτισμός" του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων απευθύνεται στους νέους φοιτητές και περιγράφει τον τρόπο λειτουργίας του προγράμματος. Περιέχει πληροφορίες για το πρόγραμμα σπουδών (μαθήματα, ύλη, διδάσκοντες, πρόγραμμα διδασκαλίας) καθώς και για ορισμένα πρακτικά θέματα που σχετίζονται με την καθημερινή λειτουργία του προγράμματος με σκοπό την ενημέρωση και διευκόλυνση των φοιτητών και κάθε ενδιαφερομένου.